O Zôo de São Paulo, como também é chamado, foi criado em junho de 1957, a partir de uma instrução do então governador Jânio Quadros ao Diretor do Departamento de Caça e Pesca da Secretaria da Agricultura, Emílio Varoli.
Os primeiros animais de origem exótica, como os leões, camelos, ursos e elefantes, foram adquiridos de circo particular e os animais da fauna silvestre brasileira, como onças e galos da serra, foram adquiridos em Manaus.
A inauguração do Zôo, inicialmente prevista para janeiro de 1958, foi adiada devido as fortes chuvas daquele ano e no dia 16 de março foi inaugurado oficialmente o Zoológico de São Paulo apresentando 482 animais.
O Zôo de São Paulo tornou-se a primeira instituição brasileira a propor e participar em diversos programas de recuperação de espécies brasileiras seriamente ameaçadas de extinção, tais como os micos-leão, os pequenos felídeos neotropicais, arara-azul-de-lear e ararinhas-azuis, bisão europeu, cachorro do mato vinagre, condor, o unico leopardo das neves do Brasil, urso de óculos.

Desde 1994 o Zoológico de São Paulo é reconhecido pelo Guinness Book como o maior zoológico do Brasil. Nesse mesmo ano, a Fundação Parque Zoológico de São Paulo foi classificada na categoria "E", a mais alta, junto ao Instituto Brasileiro de Meio Ambiente e Recursos Naturais Renováveis (IBAMA) para entidades de manejo ambiental e preservação de espécies.

Em maio de 2001, a área anexa ao zoológico e que era ocupada pela empresa "Simba Safari" foi reincorporada à Fundação Parque Zoológico de São Paulo, sendo reaberta ao público como "Zôo Safári" em 5 de junho desse mesmo ano, proporcionando passeios por entre trilhas, onde se pode ver os animais na mata, ou de carro por entre animais soltos